尽管在大藏寺，最为著名的护法是那尊由怙主本人亲自塑造并融入的大黑天像，但是吉祥天母在历史上也多有灵验。

甘丹寺是藏传佛教格鲁派的祖庭，于1409年由宗喀巴祖师亲自建成。与其说它是一座“寺院”，不如称它为一所“佛教大学”更为贴切。与色拉寺及哲蚌寺一样，学僧由西藏各地来到甘丹寺求学，在寺中的生活主要是学习佛法，日常上殿诵经禅修的时间反而不多。在学成毕业后，僧人大多各自回到自己原属的地区寺院弘法。

甘丹寺分为蒋孜院及夏孜院两座学院。在历史上，蒋孜院的方丈选举是这样的：在有必要选出新方丈时（例如老方丈圆寂或届退任之时），全院僧人上殿诵念甘丹寺蒋孜院护法吉祥天母祈请文，请求他为寺院选出适合当方丈的人选，然后全体在地区政府及寺院监事团监督之下退出，由各监督人在所有殿门及窗上封条盖印，确保没有人能在夜间进殿做手脚。

翌日，大众一起见証拆封及打开殿门的仪式。在入殿后，本来是空的方丈法座上放著谁的坐垫，那坐垫的主人便是由蒋孜院护法吉祥天母亲自显灵任命的新方丈，大众既不会异议，受命继任方丈法座之僧人亦不得违抗。

这样的事听起来似乎匪夷所思，但护法吉祥天母的灵异倒是藏人司空见惯的了，所以也已变得见怪不怪。

在大藏寺，曾经有一位显得平凡的僧人。这位僧人出身自穷苦家庭。因为他负担不起较佳的布料，所穿之僧袍由最差之麻布染色缝制而成。

有一天他在寺院附近挑水，怎知一阵旋风吹来，一眨眼间他已身在远在三个月脚程以外的拉萨甘丹寺。在搞清楚自己已身离故乡千里之外后，僧人只好随缘入寺求学。

在大藏寺方面，寺僧见该人久去未返，便四出寻找，却只找到他挑水的桶，附近又找到有几块印有非人工刻成的蹄印之石头，大家便只好把这僧人视为失踪。

没多久后，甘丹寺蒋孜院必须选新方丈，寺方便依传统祈请护法任命，然后如上述般撤出大殿、封好门窗等等。在第二天大家入殿时，竟然发现法座上放著这位新来的平凡僧人之坐垫。

在甘丹寺等三大寺中，历来之方丈都是德高望重的大学者，所以寺僧对这位受命任新方丈的平凡僧人显得不太接受。但由于新方丈也是依传统由护法亲自任命，寺方亦无话可说，只好接受护法的决定而向新方丈顶礼。

但大家都看不起这个新入寺、还未完成最初级的第一年级课程、又没学问的外来者，便仅自向宗喀巴祖师的纪念塔顶礼。在这时候，放在新方丈法座背后的一尊宗喀巴像竟然开口说话：“我在这里！”，寺僧在惊叹之下，便转回来面对说话的佛像方向（即新方丈之方向）而顶礼。从此，该尊宗喀巴佛像便被称为“曾说话的祖师像”，据说这佛像现在仍供奉在甘丹寺。

这位新方丈后来果然成为了一个大学者，并且对甘丹寺有很大的建树，大家便明白了当初是吉祥天母亲自把他由千里之外的大藏寺以神通带来的，也只好赞叹灵异的护法慧眼识人，没有为寺院选错方丈。这位戏剧性地登上方丈法座的大师，便是西藏历史上鼎鼎有名的“达勒堪布”，这个称号便正是“初年级班的方丈”之意。

当年在大藏寺寺僧知道失踪了的平凡僧人竟然荣登远方祖庭甘丹寺蒋孜院方丈法座后，大家便明白到当初是吉祥天母以神通亲自把他带到拉萨的，而在该僧人失踪地附近的蹄印便正是吉祥天母之座骑所留下来。现在这几块蹄印石被收藏于寺史博物馆中。

以上是历史上大藏寺和吉祥天母的故事。

△ 吉祥天母座骑蹄印石

上世纪90年代，寺院进行重建。在1993年左右，护法殿里面的天母分殿竣工，迎请吉祥天母像进入的那天，祈竹活佛在外地，特别交待过寺院必须留意有什么事情发生。

大殿刚完工时，众僧在玛哈嘎拉殿念经，两排坐满了出家人。一只小鸟从护法殿门走进来，飞到了护法殿内的桌上，显出一点也不怕人的样子。然后，小鸟飞去六臂大黑天护法像所在的位置，接着飞去了吉祥天母的房间，在里面呆了很久，站在刚送到不久的吉祥天母像前，举头凝视天母的脸，好像定住了那样（当时还有人抚摸过这只鸟）。由于门窗紧闭，众僧怕它饿死，第二天遂拿了一些青稞粒来，然而小鸟已经不知去向。

△ 飞到吉祥天母像下面的小鸟

正因为这件事，大家都很相信吉祥天母确实来临，当天神奇事情的照片，现在也贴在此殿门前，寺院历史馆里面也收藏一张照片。